然而,由于存在一些制约性因素和问题影响自由贸易区的今后发展。如东盟安全上依赖美国,经济上利用中国致使自由贸易区处于低水平运行;东盟内部制约性因素较多;中国东盟贸易结构相似性导致互补性减少、竞争性趋强;主导权问题;域外大国因素等五个方面均制约着今后中国东盟自由贸易区能否顺利实施。
最后,蔡鹏鸿研究员对中国东盟自贸区未来发展进行了评析。他认为,中国今后要加强调研、及时反映问题,及时解决问题,总结经验基础上完善中国自贸区结构。为此要采取措施加强互信,容许东盟国家保留其惯性思维,设法通过实际行动来消除不信任感;充分利用各自经济体内的竞争优势,相互间创造互补潜力等。